A Pécsi Tudományegyetem új Szervezeti és Működési Szabályzata 2015. április 1-jével lépett hatályba.
Rektori Hivatal:
Rektori Titkárság
Stratégiai Osztály
Tudomány- és Kutatásszervezési Osztály
Marketing Osztály
PTE 650 Jubileumi Projektiroda
Kancellária:
Kancellári hivatal
Jogi Főosztály
Szervezési, Koordinációs és Gazdasági Kapcsolatfejlesztési Osztály
Műszaki Szolgáltatási Igazgatóság
Fejlesztési és Vagyongazdálkodási Főosztály
Fejlesztési és Tervezési Osztály
Beruházási Osztály
Vagyongazdálkodási Osztály
Logisztikai és Raktározási Főosztály
Logisztikai Osztály
Raktározási és Készletgazdálkodási Osztály
Műszaki Főosztály
Létesítményüzemeltetési Osztály
Műszaki Osztály
Pályázatmenedzsment és Innovációs Igazgatóság
Pályázati Koordinációs Főosztály
Kutatáshasznosítási és Technológiai Transzfer Osztály
Projektirodák
Informatikai Igazgatóság
Üzemeltetési és Ügyfél-támogatási Főosztály
Infrastruktúra Üzemeltetési Osztály
Ügyfél-támogatási Osztály
Alkalmazásfelügyeleti Osztály
Alkalmazás- és Szolgáltatásfejlesztési Osztály
Közgazdasági és Kontrolling Igazgatóság
Pénzügyi Főosztály
Számviteli Osztály
HR Szolgáltatási és Kontrolling Főosztály
Személyügyi Szolgáltatási Osztály
Személyi Juttatások Osztály
HR Kontrolling Osztály
HR Fejlesztési Osztály
Közbeszerzési Igazgatóság
Közbeszerzési Főosztály
Gazdasági Jogi Osztály
Szerződés-előkészítő Osztály
Egészségügyi Gazdálkodási Igazgatóság
Klinikai Központ:
KK Főigazgatóság Egyéb Szervezeti Egységei
Karok:
Állam- és Jogtudományi Kar
Általános Orvostudományi Kar
Bölcsészettudományi Kar
Egészségtudományi Kar
Gyógyszerésztudományi Kar
Kultúratudományi, Pedagógusképző és Vidékfejlesztési Kar
Közgazdaságtudományi Kar
Művészeti Kar
Műszaki és Informatikai Kar
Természettudományi Kar
Önálló szervezetek:
Doktorandusz Önkormányzat
Egyetemi Hallgatói Önkormányzat
Egyetemi Könyvtár és Tudásközpont
Egyetemi Levéltár
Felsőoktatási Dolgozók Szakszervezete (FDSZ)
Janus Egyetemi Színház
Külügyi Igazgatóság
Oktatási Igazgatóság
Szentágothai János Kutatóközpont
Szőlészeti és Borászati Kutatóintézet
Tanárképző Központ
Zenélő Egyetem
Köznevelési intézmények:
Pécsi Tudományegyetem Gyakorló Általános Iskola, Gimnázium, Szakgimnázium és Óvoda
Szociális és Egészségügyi Szakképző Iskola
Illyés Gyula GyakorlóiskolaAlapfokú Művészeti Iskola és Gyakorlóóvoda
Alapfokú Művészeti Iskola és Gyakorlóóvoda